良种化程度不高
由于核桃嫁接技术要求严格，难度较大，嫁接苗木稀缺，导致市场嫁接核桃苗木价格居高不下，这是制约我国核桃快速发展的主要原因之一，也是影响核桃建园质量的关键所在。近年来，市场上每株嫁接核桃苗售价在20~30元，苗木高价位运行，极大地增加了建国成本，多数农民望而生提，导致核桃产业发展速度缓慢，多数地方在发展核桃产业时，在政府确定项目后，为了降低建园成本，多采用实生苗木栽植，这导致了核桃基地县建园质量上不去，核桃幼树期长，进入结果期迟，受益慢，极大地挫伤了果农的种植积极性，这成为我国核桃生产中的突出问题之一。
嫁接核桃苗繁殖不易，导致核桃生产中良种所占比例较小，总体上我国核桃生产中良种化程度不高，这与我国核桃产业快速发展的形势是不相匹配的。
整体管理水平比较粗放
核桃耐粗放管理，采果早，易成花，即使在放任生长的情况下，也会形成一定的产量，因而大多精细化管理程度低。我国核桃生产大多以山地种植为主，管理比较粗境不良，管理措施不到位，在一定程度上制约了核桃生产效益的发挥。
核桃生产的标准化程度低
我国核桃生产仍是以单家独户为生产单位的，虽然各生产基地制订了核桃生产标准，但由于经营单位过于零散，加之大批青壮年农民进城，经营核桃生产的农民老龄化现象严重，多数地方标准生产措施落实不到位，整体上核桃标准化程度较低。
采青现象突出，果实品质没有得到充分体现
近年来，由于核桃畅销，生产中采青现象十分突出，大量核桃在未充分成熟的情况下被青采，导致物质积累不充分，瘪仁、果仁风味变淡现象十分突出，核桃应有的品质没得到充分的体现。
核桃生产的组织化程度较低
虽然各核桃基地，政府在产业开发过程中做了大量的工作，引导成立了果业协会等组织，但这种组织多是松散的，未能真正地做到风险共担、利益共享，核桃产业仍呈现一盘散沙式经营状态，抵御市场风险的能力仍较弱。
核桃加工业滞后，加工比例较小
加工增值是核桃效益提升的主要途径之一，但由于我国核桃加工研究明显滞后于核桃产业的发展速度，加工方法比较简单，核桃加工量小，核桃生产中仍以卖原产品为主，极大地限制了核桃产业效益的提升。
核桃产业中科技贡献率低
科学技术是第一生产力，核桃产业对科技的依赖性日益增加，核桃性状独特，只有按其特性进行管理，才能取得好的经营效益。多数新发展地区，没有种植经验的广大果农边摸索边管理，这在很大程度上制约了产业效益的提升在核桃生产中好多科研成果没有得到推广转化，表现出科研和生产相脱节，在这方面的问题比较复杂，绝非一朝一夕可以改变，提高产业科技贡献率是一项长期的工程，只有持之以恒地常抓不懈，才可见效。
市场开拓不力
我国核桃已进入快速发展期，但核桃销售仍以国内销售为主，出口量十分有限，销售的局限性，必然限制核桃产业的快速发展及效益的提升。因而市场开拓将是核桃产业发展中今后应重点努力的方向，要积极地扩大国际市场，打开出口，这是提升我国核桃产业效益的关键所在。
树势衰弱现象明显
核桃生产中立地条件较差，物质投入不足，管理不善，留果太多，核桃规模发展时，如果清园不彻底，长期大量的核桃落叶、落果积聚于土壤中，会导致土壤中胡桃醌数量增加，严重影响树体生长，导致结实力下降。
